Ablauforganisation bezeichnet in der Organisationstheorie die Ermittlung und Definition von Arbeitsprozessen unter Berücksichtigung von Raum, Zeit, Sachmitteln und Personen, während sich die Aufbauorganisation hauptsächlich mit der Strukturierung einer Unternehmung in organisatorische Einheiten – Stellen und Abteilungen – beschäftigt.

Die Aufbauorganisation und die Ablauforganisation stehen in einem Abhängigkeitsverhältnis und betrachten somit gleiche Objekte unter verschiedenen Aspekten. Während es bei der Aufbauorganisation um die Bildung von organisatorischen Potentialen geht, beschäftigt sich die Ablauforganisation mit dem Prozess der Nutzung dieser Potentiale.